Майкл Фассбендер родился 2 апреля 1977 года в Хайдельберге, Германия. Мать актёра — ирландка, отец — немец. Согласно семейному древу Фассбендера, мать актёра — прапраплемянница ирландского революционера Майкла Коллинза. В 1979 году семья переехала в город Килларни, где отец Майкла открыл ресторан West End House и работал там шеф-поваром.
Успешно окончил театральную школу Drama Centre London.
Первой ролью Фассбендера стала роль сержанта Бёртона Кристенсона в популярном минисериале «Братья по оружию».
Из последних заметных ролей — лейтенант Арчи Хикокс в «Бесславных ублюдках», Квинт Дий в «Центурионе», Бёрк в «Джоне Хекс», Магнето в «Людях Икс: Первый класс», психиатр Карл Юнг в «Опасном методе» и андроид Дэвид в «Прометее».
10 сентября 2011 года Майкл Фассбендер получил кубок Вольпи за лучшую мужскую роль за роль Брэндона в фильме «Стыд».
8 августа 2012 Фассбендер, по слухам, подписал контракт с компанией Ubisoft на главную роль и со-продюсера фильма по мотивам игры Assassin's Creed.