Жан-Пьер Жёне родился 3 сентября 1953 года в Роанне. В 17 лет он был простым рабочим на почте. В 21 год начал работать в маленькой анимационной студии. В середине семидесятых он встречается с Марком Каро, который рисует комиксы, и с ним лепит головы для марионеток. Вместе они сняли свою первую картину «Бункер последней очереди» (фр. «Le bunker de la derniere rafale»), где выступили как сценаристы, режиссёры, актеры, операторы и продюсеры. Этот короткометражный фильм вышел в 1981 году и на протяжении нескольких лет во Франции показывался вместе с первым фильмом Дэвида Линча «Голова-ластик». Таким образом, дуэт Каро - Жёне быстро получает статус культового. Их первая полнометражная картина «Деликатесы» (фр. «Delicatessen», 1991) закрепила их положение в кинематографе. «Город потерянных детей» (фр. «La cite des enfants perdus», 1995) стоил намного дороже и оказался коммерчески неудачным.
Член жюри Венецианского кинофестиваля 1995 года.
В 2001 году снял фильм «Амели».
