Первой работой Накаты стал фильм «Проклятие, смерть и дух» (1996). Несмотря на неуспех первых работ, он стал ответственным за руководство над фильмом «Звонок».
«Звонок» стал культовым и одним из самых успешных японских фильмов в мировом прокате. Затем были сняты продолжение «Звонок 2» (1999) и «Тёмные воды» (2002). «Звонок» был в 2002 году переснят в США под тем же названием, аналогично был в 2005 году переснят «Тёмные воды» — в России ремейк вышел как «Тёмная вода». Также в США были снят «Звонок 2».
Среди других фильмов Накаты «Спящая невеста» (2000) и «Хаос» (2000). В настоящее время он завершил японскую историю о привидениях. Также он работает над фильмом «Хирн», который рассказывает о жизни Лафкадио Хирна, написавшего «Кайдан: история и очерки об удивительных явлениях». Наката работал над фильмом True Believers, но потом вышел из проекта. Позднее он получил предложение от DreamWorks о работе над «Звонком 2» (2005), на которое ответил согласием. Тем самым этот фильм стал его дебютом на английском языке. Хидэо Наката представляет Объединённое агентство талантов.